W latach 1946–1947 prowadził szereg akcji zbrojnych przeciwko komunistom. Często współpracował ze swoim dawnym podwładnym Franciszkiem Wypychem ps."Wilk". Jego oddział był doskonale uzbrojony (moździerze, pancerfausty), liczebność przekraczała 100 osób (i dodatkowe kilkadziesiąt osób w rezerwie), wszyscy żołnierze byli ubrani w mundury. Stanisław Balla zawsze dbał o dobry stan oddziału i zwalczał wszelką przestępczość, poza tym partyzanci otrzymywali żołd. 4 listopada 1946 roku Ballę spotkała osobista tragedia – w obławie we wsi Zielonka zginął jego 18-letni syn Eugeniusz Balla ps. „Wyrwicz”. W końcu listopada Paweł Nowakowski wezwał wszystkich podległych mu dowódców oddziałów partyzanckich w celu poinformowania ich o zaistniałej sytuacji – rezygnację z dalszej walki i skorzystanie przez niego z amnestii. Zachęcał pozostałych dowódców do podobnego kroku. Balla wycieńczony walką partyzancką skorzystał z amnestii 10 marca 1947 roku. Stanisław Balla wraz z 10 podkomendnymi ujawnił się w Działdowie. Zatrudnił się jako dozorca w tartaku w Klonowie. Pomimo dopełnienia warunków amnestii Balla był często nachodzony przez UB z powodu nie oddanej sporej liczby broni (Balla ukrył ją na wypadek ponownej walki z komunistami). Do uzyskania od niego informacji zmuszono nawet dawnego dowódcę „Sowy” Pawła Nowakowskiego.