thumb|240px|Zespoły występujące w III Lidze (gr.VII) w sezonie 1996/97 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek III ligi w grupie VII oraz Pucharu Polski od II rundy.
III poziom rozgrywkowy Jagiellonia kolejny sezon z rzędu przystąpiła do rozgrywek bez większych wzmocnień kadrowych, klub opuścili min. Dariusz Bayer, Gierejkiewicz, Matys. Zespół rywalizował w grupie makroregionalnej głównie z drużynami z Warszawy, ale także z silną ekipą Hetmana Białystok, w którego szeregach znalazło się wielu byłych Jagiellończyków. Pierwsza runda w wykonaniu „żółto-czerwonych” była dobra, drużyna zdobyła mistrza jesieni. W drugiej rundzie zespół spisywał się już gorzej, w rezultacie klub zajął 6. miejsce.
Puchar Polski Jagiellonia w II rundzie pokonała w karnych (na wyjeździe) KP Wasilków 0:3, w następnej rundzie uległa (na wyjeździe) Bug Wyszków 4:1.
Końcowa Tabela III Ligi - gr.