Chociaż prezydentowi ostatecznie udało się zastąpić Arthura i Cornella, nie udało mu się dokonać większych reform administracji państwowej.
Jedną z jego pierwszych decyzji było wycofanie wojsk z Południa, będące spełnieniem obietnicy z obrad komisji podliczającej głosy elektorów w Kongresie. Działanie to doprowadziło do objęcia tam władzy przez demokratów i dyskryminacji rasowej czarnoskórych mieszkańców przez Ku Klux Klan. Ponadto demokraci w Kongresie blokowali ustawy zakazujące dyskryminacji rasowej na Południu.
W połowie 1877 roku prezydent musiał stanąć przed problemem masowych strajków pracowników kolei. Wobec próśb gubernatorów stanów Hayes wysłał wojsko, aby opanować protestujące tłumy, co tylko zaostrzyło demonstracje, ponieważ opinia publiczna stała po stronie kolejarzy. Prezydent zastanawiał się nawet nad wprowadzeniem stanu wojennego w Pensylwanii, lecz odstąpił od tego pomysłu, a następnie odwołał żołnierzy. Między innymi te wydarzenia zapoczątkowały powstanie organizacji związkowych w Stanach Zjednoczonych, takich jak np. Międzynarodowy Związek Robotniczy utworzony w 1878 roku.