Budynek ten został uszkodzony podczas Wielkiej Smuty i w połowie XVII w. rozebrano goО монастыре. W okresie Wielkiej Smuty monaster został zniszczony i splądrowany przez wojska Dymitra Samozwańca, następnie Dymitra Samozwańca II i przez wojska polskie.
Wspólnota została odnowiona za panowania Michała I, który razem z ojcem, patriarchą moskiewskim i całej Rusi Filaretem wielokrotnie przybywał do klasztoru. Jego następca, car Aleksy I, w 1650 wydał ukaz w sprawie budowy nowego kompleksu budynków monasterskich. W ciągu kolejnej dekady zbudowane zostały cerkwie Przemienienia Pańskiego i św. Sergiusza z Radoneża (nadbramna, następnie przemianowana na cerkiew Trójcy Świętej), refektarz, budynek mieszkalny dla mnichów, dzwonnica. Powstały ponadto zabudowania gospodarcze, infirmeria z cerkwią św. Jana Klimaka, stawy rybne i młyny. W kompleksie monasterskim wzniesiono ponadto pałac przeznaczony dla cara. Aleksy I od 1649 regularnie odwiedzał monaster i szczególnie czcił jego założyciela, któremu przypisywał ocalenie życia podczas polowania. Za panowania Aleksego monaster św. Sawy Storożewskiego został podporządkowany bezpośrednio carskiej kancelarii i otrzymał status ławry. Posiadał 19 monasterów filialnych. Status ławry monaster zachował do likwidacji patriarchatu i ustanowienia Świątobliwego Synodu Rządzącego.