Na skutek zmian ustrojowych i złej sytuacji gospodarczej z finansowania Jagiellonii wycofały się przedsiębiorstwa budowlane. Skończyły się także subwencje państwowe oraz wsparcie ze strony lokalnych władz. Klub pomimo sprzedaży wielu zawodników oraz basenu przy ul. Mickiewicza popadł w ogromne zadłużenie i stał przez widmem bankructwa. Brak sukcesów sportowych oraz nie najlepsze zarządzanie było powodem wielu napięć i zmian w zarządzie. Dnia 7 grudnia 1992 roku na walnym zebraniu sprawozdawczo-wyborczym postanowiono rozpocząć prace organizacyjne nad przekształceniem klubu w spółkę akcyjną. Przyjęto nowy statut, zmieniono nazwę z MKSB na BKS (Białostocki Klub Sportowy), wyłoniono nowy zarząd: prezes - Andrzej Pietrzyk, w-ce prezesi - Sławomir Bakun i Andrzej Karpowicz. GW nr 239/1992 Walne zebranie Jagiellonii - wybór nowych władz. Oprócz profesjonalizacji klubu najważniejszym celem zarządu było ustabilizowanie sytuacji finansowej i pozyskanie sponsorów.
Puchar Polski Jagiellonia pokonała w III rundzie pokonała (na wyjeździe) Olimpię Elbląg 1:5, następnie rundzie uległa Polkolorowi Piaseczno 4:1.