Rozmowy w Algierze odbyły się ponownie w 1992 roku, jednak i tym razem nie doprowadziły do zakończenia konfliktu.
W 1995 roku formacja wystąpiła z propozycją zaprzestania działalności zbrojnej w zamian za negocjacje w sprawie więźniów politycznych i uciekinierów. Gdy rząd hiszpański odrzucił propozycje, ETA rozpoczęła kolejną falę zamachów. Struktura militarna ETA pod hasłem „uspołecznienia cierpienia” rozszerzyła ataki na cywilnych działaczy hiszpańskiej prawicy.
W 1998 roku ogłosiła jednostronne i bezterminowe zawieszenie broni. Obowiązywało ono do 1999 roku, zakończone zostało w reakcji na falę aresztowań członków ETA pod koniec 1999 roku.
W 2001 roku hiszpańska policja aresztowała kilkuset członków organizacji. W 2004 roku w ręce hiszpańskiej policji wpadło kolejnych 70 aktywistów.
W marcu 2006 roku ponownie ogłosiła zawieszenie broni. Wkrótce potem rozpoczęły się rozmowy pokojowe pomiędzy organizacją a rządem José Luisa Zapatero. Jednak 30 grudnia 2006 dokonała kolejnego zamachu. Atak poskutkował zerwaniem rozmów pokojowych przez stronę hiszpańską.
28 lutego 2010 podczas zakrojonej operacji francuskiej policji i hiszpańskiej gwardii cywilnej aresztowano lidera ETA Ibona Gogeascoecheę Arronategui.