Beatrice próbowała powiadomić odpowiednie władze, napisała nawet list do papieża, ale wpływy jej ojca na dworze papieskim były zbyt silne, by mogła mu zaszkodzić. Kiedy Francesco dowiedział się o usilnych próbach córki, odesłał ją wraz z jej macochą do jednego ze swoich zamków znajdujących się w Abruzzach.
Giacomo, Beatrice, Bernardo i Lucrezia postanowili znaleźć inny sposób na pozbycie się nieznośnego prześladowcy i wkrótce potem zorganizowali spisek. Kiedy w 1598 roku Francesco przybył do zamku, w którym znajdowała się jego córka i żona, kobiety przekonały dwóch z jego zadłużonych wasali (z których jeden był kochankiem Beatrice) do otrucia Francesca. Miał umrzeć nie wywołując żadnych podejrzeń, co miało być efektem jego grzesznego życia. Kiedy trucizna okazała się zbyt słaba, by pozbawić Cenciego życia, rodzina wysłała do jego sypialni zabójców, którzy zabili go poprzez wbicie długich gwoździ w oczy i zepchnęli ciało z pałacowego balkonu nad mulistym zakolem Tybru. Ukruszyli fragment balustrady, by sprawić wrażenie, że śmierć Francesca była skutkiem nieszczęśliwego wypadku. Nikt w Rzymie nie uwierzył w tę możliwość.