W styczniu 2000 został mianowany na stanowisko selekcjonera narodowej reprezentacji ArmeniiInternational Matches 2001 - Europe (January-June). Po porażce z Norwegią 11 października 2001 podał się do dymisjiVarujan Sukiasyan. W kwietniu 2001 po raz trzeci wrócił do klubu z Araratu, który przeniósł się do stolicy i nazywał się Spartak Erywań. Po czterech miesiącach pracy opuścił klub. W latach 2003–2005 ponownie trenował Homenmen z Bejrutu. W 2006 objął stanowisko głównego trenera Araratu Erywań, ale latem 2007 przez konflikt z kierownictwem klubu zrezygnował z pracy w nimСукиасян покидает "Арарат" - UEFA.com. Potem ponownie szkolił młodzieżową reprezentację. W marcu 2008 wrócił do prowadzenia Araratu Erywań. W końcu roku znowu przez konflikt z kierownictwem opuścił klub. 3 lutego 2009 w ormiańskiej prasie sportowej poinformowano o odrodzeniu klubu piłkarskiego Impuls Diliżan. Szefem sztabu szkoleniowego i wiceprezesem klubu stał Sukiasjan, później również i skautem klubu. Wielką jego zasługą jest zdobycie pierwszego miejsca w Pierwszej lidze i awans do ekstraklasy. Na początku 2010 objął też stanowisko głównego trenera Impulsu.