W sierpniu 2002 został ponownie wybrany na prezydenta FederacjiПАС ИЗ-ЗА ГРАНИЦЫ• «Мераб Жордания переизбран на посту президента Федерации футбола Грузии». Ежедневная спортивная газета СПОРТ-ЭКСПРЕСС (интернет-версия). To jego inicjatywą było zaproszenie chorwackiego specjalisty Ivo Šušaka na stanowisko selekcjonera narodowej reprezentacji GruzjiЧЕ-2004. Отборочный турнир• Иво ШУШАК: “СОВМЕСТИТЕЛЬСТВО? Я - ЗА!”. Ежедневная спортивная газета СПОРТ-ЭКСПРЕСС (интернет-версия). Jednak ze względu na fakt, że zarówno Šušak prowadził Dinamo Tbilisi, który miał trudności w grze, postanowiono nie łączyć jego funkcje. W rezultacie, Żordania poprowadził drużynę narodową w pozostałych trzech meczach eliminacyjnychПРЕЗИДЕНТ ВОЗГЛАВИЛ СБОРНУЮ. Ежедневная спортивная газета СПОРТ-ЭКСПРЕСС (интернет-версия)International Matches 2003 - Europe, July-December.
Za zarzuty w niepłaceniu dochodów został aresztowany, ale wypuszczono go za kaucję, a potem trwało dochodzenie w jego sprawie. Z tego względu w kwietniu 2005 roku zrezygnował ze stanowiska prezesa federacjiГрузинский футбол возглавил сын легендарного тренера - Korrespondent.net. W latach 2006–2008 mieszkał przeważnie w Europie Zachodniej. W 2009 roku wrócił do Gruzji.