W 1448 roku metropolia moskiewska uzyskała niezależność od patriarchatu konstantynopolitańskiego (status autokefalii), a metropolita Jonasz tytuł Metropolity Moskwy i Wszechrusi. Działo się to zaledwie na 5 lat przed upadkiem Konstantynopola, toteż Moskwa zaczęła być postrzegana jako sukcesorka jego tradycji, co zrodziło pojęcie Trzeciego Rzymu. W 1589 roku metropolita Hiob stał się pierwszym patriarchą Moskwy i Wszechrusi. Odtąd Rosyjski Kościół Prawosławny zajmuje piąte miejsce w dyptychu Kościołów prawosławnych, tuż po czterech patriarchatach starożytnych. W ciągu następnych lat wraz z osłabianiem się potęgi domu carskiego patriarchowie (zwłaszcza Hermogen i Filaret) stali się wpływowymi figurami w państwie.
Unia brzeska
Ruscy hierarchowie ponawiali próby przywrócenia jedności z Rzymem i w 1596 r. zawarli unię brzeską. Na jej mocy Cerkiew prawosławna na terytorium Rzeczypospolitej Obojga Narodów przyjęła zwierzchnictwo papieża, zachowując jednak własną strukturę administracyjną oraz wschodnią liturgię. Oficjalne przyjęcie Kościoła ruskiego do wspólnoty z Rzymem nastąpiło 23 grudnia 1595 r.
Dwóch prawosławnych hierarchów z terenów Rzeczypospolitej odrzuciło unię, pozostając pod zwierzchnictwem patriarchy Konstantynopola.