Nabatejczycy osiedlili się wówczas w tym miejscu pustyni, ale brakuje dowodów na istnienie Soboty na przestrzeni pierwszych czterech wieków naszej ery. Sobota zajmowała północne obrzeże wadi. Z okresu nabatejskiego odnaleziono dotychczas bardzo mało artefaktów. Encyklopedia archeologiczna Ziemi Świętej wspomina o odkrytej inskrypcji mówiącej o nabatejskim bóstwie Duszara oraz o odkopanych fragmentach ceramiki. Znaczna część najstarszej zabudowy nie została jednak przebadana, a w wielu miejscach dotarcie do potencjalnych śladów uniemożliwiają fundamenty wzniesionych później budowli. Rozwój miasta rozpoczął się w IV wieku i był kontynuowany w wieku V. (Artur Segal uważa, że pierwsza bizantyńska osada powstała pod koniec V wieku). Coraz większe tereny wokół miasta były zajmowane pod uprawy, budowano nowe dzielnice, a liczba mieszkańców sukcesywnie wzrastała. Sobota nie została nigdy otoczona murem. Budynki położone na obrzeżu były połączone tak, że ich zewnętrzne ściany tworzyły pas oddzielający miasto od pustyni.