Działalność naukowa i publicystyczna thumb|240px|Grób Jerzego Targalskiego na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach Zajmował się naukowo problematyką przemian ustrojowych w Europie Środkowej i Wschodniej na przełomie lat osiemdziesiątych i dziewięćdziesiątych, a zwłaszcza rolą, jaką w tych przemianach odegrały służby specjalne. W swoich wypowiedziach publicznych wielokrotnie zwracał uwagę na zagrożenia wynikające ze zbyt dużej roli funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa oraz Wojskowych Służb Informacyjnych i jej tajnych współpracowników w życiu politycznym i gospodarczym Polski po 1989. Był zwolennikiem lustracji i dekomunizacji.
Współpracował z „Gazetą Polską” i prowadził ćwiczenia w Studium Europy Wschodniej Uniwersytetu Warszawskiego. Był współtwórcą portalu internetowego ABCnet i Fundacji Orientacja. W publicystyce posługiwał się pseudonimem Józef Darski.