Działalność organizacyjna W listopadzie 1997 powrócił z emigracji. W latach 1998–2000 był dyrektorem i redaktorem naczelnym PAI-Pressu, a w okresie 2000–2001 dyrektorem PAI-Internet, skąd został zwolniony w kwietniu 2001. Od 2001 był wykładowcą Studium Europy Wschodniej Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 2004–2006 był właścicielem portalu internetowego. 15 lipca 2006 wybrany został do Zarządu Polskiego Radia SA, był wiceprezesem Polskiego Radia. 10 stycznia 2009 został odwołany ze stanowiska.

Na początku 2007 w Gazecie Wyborczej ukazały się artykuły, w których zarzucono Targalskiemu zwalnianie i obrażanie dziennikarzy Polskiego Radia, którzy nie zlustrowali się w IPN, względnie nie zgadzali się z poglądami kierownictwa. Targalski tym informacjom zaprzeczyłOficjalna strona Stowarzyszenia Wolnego S³owa. i wniósł kilka pozwów cywilnych przeciwko dziennikarzom Gazety Wyborczej oraz Monice Olejnik (dwa pozwy zostały oddalone). Rada Nadzorcza Polskiego Radia zawiesiła na krótko Targalskiego, ale po wewnętrznym śledztwie przywróciła mu prawa członka zarząduWprost: Targalski odwieszony..