Cały czas uprawiał wspinaczkę, wytyczając m.in. kilka nowych dróg w Tatrach (Niżnie Rysy ścianą północno-zachodnią w 1947 roku, Długi Giewont ścianą północną w latach 1952 i 1957, Wielka Kapałkowa Turnia od północy w 1969 roku). Wielokrotnie wyjeżdżał w Alpy Szwajcarskie jako kierownik polskich grup. W 1957 brał udział w słynnej akcji ratunkowej na Eigerze. Był uczestnikiem szwajcarskich wypraw na Dhaulagiri (8167 m n.p.m.) w 1958 i 1960 roku i do pakistańskiego Hindukuszu w 1969 roku oraz austriackiej wyprawy na Malubiting (7458 m n.p.m.) w Karakorum w 1971 roku.
Wspomnienia z wypraw opublikował w książkach Himal Cu-Cu-Ra (1961), Dhaulagiri zdobyty (1963) oraz Góry mojej młodości (1988). Był autorem około 200 artykułów o tematyce wspinaczkowej oraz ratowniczej, publikowanych w prasie polskiej, szwajcarskiej, niemieckiej i jugosłowiańskiej. Wygłosił wiele referatów o medycznych aspektach ratownictwa górskiego.
Jerzy Hajdukiewicz był dwukrotnie żonaty. Pierwszą żoną była Helena Bäcker (jedna z czołowych i najbardziej aktywnych polskich taterniczek i alpinistek okresu 1940–1970), a drugą Stefania. Obie żony towarzyszyły mu w wielu wyprawach. W styczniu 1989 roku został odznaczony Medalem „Za Wybitne Osiągnięcia Sportowe”.