1 sierpnia 2010 podpisał kontrakt z New York Red Bulls. 13 grudnia 2012 powrócił do ojczyzny, zostając zawodnikiem Club León. Tam został mianowany przez szkoleniowca Gustavo Matosasa kapitanem drużyny i w tej roli zdobył z nią swój pierwszy tytuł mistrza Meksyku, w jesiennym sezonie Apertura 2013. Sukces ten powtórzył pół roku później, w wiosennym sezonie Clausura 2014, dzięki czemu León został pierwszym od 10 lat meksykańskim klubem, który obronił tytuł mistrzowski.
W 2014 roku Márquez wziął udział w Mistrzostwach Świata w Brazylii, po raz czwarty z rzędu odpadając z Meksykiem w 1/8 finału. Został wówczas pierwszym piłkarzem w historii, który był kapitanem swojej reprezentacji na czterech kolejnych mundialach. W sierpniu 2014 powrócił do Europy, podpisując umowę z włoskim Hellas Verona.
W styczniu 2016 powrócił do swojego macierzystego Club Atlas.
Kariera trenerska 8 sierpnia 2020 roku rozpoczął pracę w RSD Alcalá, w którym pracował z drużyną U-15 w sezonie 2020/2021. 14 lipca 2022 roku został trenerem FC Barcelony Atlètic, podpisując dwuletni kontrakt.