Program Ubico zakładał represjonowanie ludności rdzennej (Przed hiszpańską inwazją ludność Gwatemali stanowili wyłącznie Majowie). W trakcie rządów uchwalił rasistowskie, antyindiańskie prawa: wydał rozporządzenie o porywaniu Indian z lasów departamentu Peten i umieszczaniu ich w ogrodzie zoologicznym w stolicy Gwatemali, zaś 1935 wprowadził przymus pracy dla ludności indiańskiej. Represjom padła również klasa robotnicza, której liderzy padli ofiarą zabójstwZeszyty Prasoznawcze, t. 12., 1971.. Swoje rządy wzorował na wzorcach dyktatorów takich jak Francisco Franco, Adolf Hitler (do którego rządów się porównywał) i Benito Mussolini a sam uważał się za faszystę. Pomimo faszystowskich sympatii ślepo realizował politykę współpracy z USA która miała strzec Gwatemali przed komunistycznym zagrożeniem ze strony Meksyku. Ubico obniżył płace pracowników i nadał immunitet właścicielom ziemskim pozwalając im na egzekucje robotników rolnych w ramach postępowania dyscyplinarnego. Działania rządu Ubico zostały opisane przez historyków jako legalizacja morderstwa. Kosztem relacji z USA godził się na dalsze ustępstwa wobec United Fruit Company. Ustępstwa obejmowały oddanie UFC 200 tysięcy hektarów gruntów publicznych w zamian za obietnicę budowy portu a później zwolnił firmę z tego obowiązku powołując się na kryzys gospodarczy.