W 1944 powrócił do Gwatemali i w lipcu dołączył do założonej przez nauczycieli partii Renovación Nacional. Partia wystawiła go jako kandydata w zbliżających się wyborach prezydenckich. Nieoczekiwanie jego kandydatura została poparta przez wiele organizacji rewolucyjnych w tym federacje studenckie. Jego brak powiązań z dyktaturą i zaplecze akademickie wpłynęło na pozytywny odbiór wśród uczniów i nauczycieli. Jednocześnie fakt że mieszkał w konserwatywnej Argentynie (a nie rewolucyjnym Meksyku) uspokoił właścicieli ziemskich, którzy nie postrzegali jego planów reform jako socjalistycznych czy komunistycznych.
Wybory odbyły się 19 grudnia 1944 roku i nie budziły podejrzeń o fałszerstwa. Żaden z członków rządu rewolucyjnego nie przystąpił do wyborów. Głównym rywalem Arévalo był Adrián Recinos, w którego środowisku znalazł się szereg osób związanych z reżimem Ubico. Arévalo wygrał wybory, uzyskując cztery razy więcej głosów niż pozostali kandydaci razem wzięci.