Niezależnie od tego w obozie panowały okropne warunki sanitarne i wyżywieniowe, powodujące ogromną śmiertelność. Więźniowie zmuszani byli także do niewolniczej pracy, zwłaszcza w okolicznych kamieniołomach. Ziereis, jako komendant Mauthausen, ponosił całkowitą odpowiedzialność za wszystkie zbrodnie popełnione w obozie. Pozwolił m.in. swojemu 11-letniemu synowi strzelać do więźniów ze strzelby z werandy własnego domu. Za swoje „wyjątkowe” zasługi, Ziereis został 20 kwietnia 1944 awansowany na stopień SS-Standartenführera.
Krótko przed wyzwoleniem obozu przez wojska amerykańskie uciekł wraz z żoną i synem, a następnie ukrył się w górach Górnej Austrii. Jednak 23 maja 1945 żołnierze amerykańscy odnaleźli jego kryjówkę i Ziereis został trzykrotnie postrzelony podczas próby ucieczki. Przewieziono go do szpitala w Gusen, gdzie wkrótce zmarł wskutek odniesionych ran. Przed śmiercią złożył obszerne zeznania, opisujące funkcjonowanie obozu i zbrodnie w nim popełnione. Ciało zbrodniarza zostało powieszone przez byłych więźniów na ogrodzeniu z drutu kolczastego w głównym obozie Gusen.