Flora Teren Parku Narodowego Monte Alén porośnięty jest przez wilgotne lasy równikowe. Wśród występujących tu roślin można znaleźć wiele endemitów. Niedawno odkryto nowe gatunki należące do rodzaju Scaphopetalum z rodziny zatwarowatych (Sterculiaceae) oraz w lasach Monte Mitra Korupodendron songweneanumco (gatunek do tej pory potwierdzony w dwóch innych parkach narodowych Afryki), co wskazuje na ogromną bioróżnorodność roślin na obszarze parku. Ponadto w lasach parku rośnie wiele mniejszych roślin tworzących podszyt, czemu sprzyja duża wilgotność. Szczególnie różnorodne pod względem roślinnym są zbocza Monte Mitra. Zaznaczają się tam piętra roślinne od lasów deszczowych u podnóża po murawy trawiaste w wyższych partiach. Endemizm Monte Mitra Najwięcej roślinnych endemitów występuje na wyższych wysokościach. Ich liczba zmniejsza się wraz ze spadkiem wysokości i u podnóża jest najmniej unikalnych gatunków.