Rozgrywka W Rogue powraca wprowadzony w Assassin’s Creed IV system żeglowania i walk morskich, stanowiący ważną część Black Flag. Morrígan, statek Cormaca, w porównaniu z Kawką Kenwaya ma płytsze zanurzenie, dzięki czemu może pływać na rzekach. Wśród nowości znalazły się niedostępne wcześniej bronie dla statku, takie jak płonący olej i kartaczownica Puckle’a, jak również możliwość dokonania przez wrogów abordażu Morrígan. Część akcji rozgrywa się na Północnym Atlantyku, w związku z czym wprowadzone zostały odpowiednie związane z tym elementy, takie jak góry lodowe, kra oraz zdolny do ich niszczenia taran. W odróżnieniu od Black Flag, w Rogue nie zaimplementowano eksploracji podwodnych obszarów, ponieważ zbyt długie przebywanie w północnoatlantyckich wodach powoduje stopniowe wychłodzenie Shaya, a w konsekwencji jego śmierć.