W sezonie 2002/2003 Malone po raz ostatni występował w barwach Jazz. W lipcu 2003, mając na celu zdobycie mistrzostwa NBA, jako wolny agent podpisał kontrakt z Los Angeles Lakers. 21 grudnia 2003 doznał kontuzji kolana, która wyeliminowała go z udziału w 40 spotkaniach sezonu zasadniczego (do czasu owej kontuzji opuścił zaledwie 11 meczów w całej swojej karierze). Problemy z kolanem spowodowały, że w czasie playoffów nie był w stanie grać na poziomie, jaki prezentował w pierwszej części sezonu. Lakers awansowali do finałów, jednak przegrali z Detroit Pistons 1-4. W lutym 2005 roku ogłosił zakończenie kariery.
Numer 32, z którym występował Malone, został zastrzeżony przez Utah Jazz 23 marca 2006 roku (podczas meczu przeciwko Washington Wizards). Grając w barwach Lakers nosił numer 11 (numer 32 został wycofany dla uczczenia pamięci Magica Johnsona) – taki sam numer nosił w Dream Teamie, gdzie zgodnie z zasadami FIBA zawodnikom przydzielano numery od 4 do 15.
W ciągu swojej kariery zdobył 36 928 punktów, co daje mu 3. miejsce w klasyfikacji najlepszych punktujących w historii NBA i zanotował 14 968 zbiórek (6 miejsce).