Organizacja Siedzibą trybunału był początkowo konwent S. Domenico w Perugii, jednak w XVII wieku papież Urban VIII ufundował budowę specjalnego budynku spełniającego tę rolę (Palazzetto dell’Inquisizione). Na czele trybunału stał inkwizytor wywodzący się z rzymskiej prowincji zakonu dominikanów. Po 1685 podlegał mu obszar sześciu diecezji (Perugia, Camerino, Asyż, Citta della Pieve, Città di Castello, Todi), podzielonych na 64 wikariaty, na których czele stali zastępcy inkwizytora tytułowani jako wikariusze generalni (jeśli rezydowali w stolicach diecezji) lub wikariusze rejonowi (jeśli rezydowali w okręgu na prowincji). Wikariusze generalni byli dominikanami, natomiast wikariusze rejonowi wywodzili się także z zakonu franciszkanów lub duchowieństwa świeckiego.