W lagunie stwierdzono występowanie gatunków ryb: Polydactylus virginicus, Eucinostomus gracilis, Sphyraena picudilla, Lutjanus mahogoni, Cryptoheros spilurus, Eugerres plumieri, Caranx bartholomaei, Gobiomorus dormitor, karanks atlantycki (Caranx hippos), Mugil curema, albula (Albula vulpes), Paraneetroplus maculicauda, Amphilophus robertsoni, tarpon atlantycki (Megalops atlanticus), Poecilia mexicana, nieokreślonych z rodzaju Archocentrus, Parachromis, Centropomus, Callinectes, Oreochromis. Ponadto ustalono obecność kraba Cardisoma guanhumi i krewetki z rodzaju Litopenaeus.
Awifauna całego systemu przyrodniczego Laguna El Cacao reprezentowana jest w szczególności przez ptactwo wodno-błotne: czaplę modrą (Ardea herodias), czaplę białą (Ardea alba), czaplę zieloną (Butorides virescens), czaplę śniadą (Egretta caerulea), czaplę śnieżną (Egretta thula), czaplę trójbarwną (Egretta tricolor), tygryskę nagobrodą (Tigrisoma mexicanum).