7 marca 2016 w celu przedstawienia zarzutów T. Justyński został zatrzymany przez Policję i przewieziony do gdańskiej prokuratury skuty i w więźniarce. Takie środki były konieczne, ponieważ dziekan Wydziału Prawa i Administracji UMK unikał kontaktu z prokuraturą, utrudniając w ten sposób postępowanie – unikał odebrania wezwań albo nie stawiał się na wezwania. W prokuraturze dziekan nie przyznał się do winy, odmówił też składania wyjaśnień.
Tomasz Justyński cały czas konsekwentnie zaprzecza wszystkim zarzutom, wskazując na ich pozamerytoryczne źródło w postaci konfliktów osobistych a obecnie twierdzi, że wszystkie toczące się przeciwko niemu postępowania są przedawnione.
Postanowieniem Sądu Okręgowego we Włocławku postępowanie karne zostało umorzone. Sąd w uzasadnieniu wskazał, że nie badał zarzutu plagiatu, ponieważ nastąpiło przedawnienie. Co do pozostałych zarzutów, tj. oszustwa i ukrywania się, Sąd wyraźnie podkreślił, że nie miały one miejsca, a zarzuty te zostały sformułowane przez Prokuraturę Okręgową w Gdańsku tylko na użytek postępowania, instrumentalnie, ażeby wydłużyć bieg terminu przedawnienia.