Każdy Sędzia SN jest członkiem którejś z izb SN lub Naczelnej Izby SN. Każda izba składa się z przewodniczącego i 2 sędziów, a Naczelna Izba SN musi składać się z minimum 9 sędziów z tego samego Wydziału.
Naczelna Izba SN (cz. Velké senáty kolegií) podejmuje decyzje w przypadku, gdyby któraś z izb SN przekazała mu sprawę. Naczelna Izba obraduje nad daną sprawą, jeśli wydana opinia jest sprzeczna z wcześniej wydanym stanowiskiem SN.
Izby SN (cz. Senátů) mogą decydować w sprawach dotyczących rewizji nadzwyczajnej, złamania prawa, uznawania i wykonywania orzeczeń zagranicznych sądów na terenie państwa czeskiego, jeśli wymaga tego odpowiednia regulacja prawna lub umowa międzynarodowa. Każdej izbie przewodniczy przewodniczący, który przydziela członkom izby odpowiednie obowiązki.
Obecnie istnieją 2 wydziały Sądu Najwyższego: Wydział Prawa Cywilnego i Gospodarczego oraz Wydział Prawa Karnego. Głównym zadaniem wydziałów SN (cz. Kolegia) jest analiza i ocena wyroków sądów niższej instancji, a także uogólnianie otrzymanych informacji tak, aby po złożeniu Prezesowi SN, mógł on ustalić określony punkt widzenia w czasie orzekania wyroków na temat określonych kwestii.