Boczne dolinki to: Široká, Balcova dolina, Bielo, Hlbokô, Ludarová dolina, Štiavnica, Špatná, Stanišovská dolina, Gašparovska dolina, Divadelná dolina.
Opis doliny Pod względem geologicznym Jánska dolina składa się z części górnej zbudowanej z granitów, oraz części dolnej, wapiennej. W części wapiennej silnie rozwinięte są zjawiska krasowe. Znajduje się tutaj ponad 120 jaskiń o łącznej długości korytarzy wynoszącej około 150 km. M.in. w dolinie znajduje się jedna z najdawniej znanych jaskiń Liptowa i całej Słowacji, Jaskinia Staniszowska. Z kolei w masywie Krakowej Hali kryją się głęboki na 495 m System Jaskiń Hipmana, najgłębszy w Niżnych Tatrach oraz Jaskyňa zlomísk, o długości korytarzy blisko 11 km.
Cała dolina (z wyjątkiem niewielkiego wycinka przy wylocie) znajduje się w obrębie Parku Narodowego Niżne Tatry, ponadto niektóre jej części podlegają dodatkowej, jeszcze ściślejszej ochronie. Są to wydzielone rezerwaty przyrody: Jánska dolina, Dziumbier oraz Ohnište.