W zakres ekologii gatunku wchodzą: ekologia populacyjna – zagadnienia dynamiki populacji lokalnych, problemy zasięgu i rozmieszczenia geografia fizyczna kompleksowa – budowa, organizacja, zróżnicowanie i funkcjonowanie środowiska przyrodniczego traktowanego jako całość ekologia ewolucyjna – historia życia gatunków, m.in. ich ewolucyjne adaptacje, dostosowania. Jedną z jej dziedzin jest paleoekologia, badająca ekologię wymarłych gatunków. Wprowadzając pojęcie „ekologii gatunku” jako części ekologii, wycofano wcześniej stosowany podział tej nauki na: autekologię – naukę o funkcjonowaniu pojedynczych organizmów w ich środowisku (zbliżoną do fizjologii gatunku) synekologię – ekologię grup osobników, np. populacji, formacji i zespołów roślinnych, zgrupowań zwierząt, ekosystemów.
Wśród działów ekologii wyodrębnionych ze względu na metodologię badań wymieniane są m.in.: ekologia opisowa – „historia naturalna”, opisywanie całych formacji roślinnych i zgrupowań zwierząt kuli ziemskiej (ociera się o zoogeografię czy biogeografię); ekologia funkcjonalna – poszukiwania i badania związków, wzajemnych zależności i oddziaływań między składowymi jednostek opisywanych przez ekologię opisową, poszukiwania ogólnych zasad funkcjonowania systemów ekologicznych; ekologia molekularna – m.in.