Przebieg wojny thumb|Pomnik ofiar masakry w El Mozote W październiku 1979 roku grupa oficerów dowodzona przez Adolfo Majano obaliła dotychczasową juntę. Nowy rząd spotęgował akcje przeciwko opozycji. W zimie 1980 roku z rąk wojska zginął arcybiskup San Salvador, Óscar Arnulfo Romero co spotęgowało konfliktPedro Casaldáliga, „Biografía de Monseñor Oscar Arnulfo Romero”.. W maju tego samego roku rząd dopuścił się masakry 600 osób nad rzeką Sumpul (dep. Chalatenango), stanowiącą częściowo granicę między Salwadorem a Hondurasem. Uciekinierzy salwadorscy próbowali przedostać się do obozów dla uchodźców w Hondurasie i zostali zaatakowani ogniem artyleryjskim przez oddziały rządowe. W odpowiedzi na masakrę partyzanci utworzyli Zjednoczone Kierownictwo Rewolucyjne zaś 10 października – Front Wyzwolenia Narodowego im. Farabundo Martí (FMLN) stanowiący wspólny blok grup partyzanckich toczących wojnę z juntą. W skład Frontu Wyzwolenia Narodowego weszły: Ludowe Siły Wyzwoleńcze im. Farabunda Martíego, Siły Zbrojne Oporu Narodowego, Ludowa Armia Rewolucyjna i Komunistyczna Partia Salwadoru, w późniejszym okresie w szeregi koalicji wstąpiła Rewolucyjna Partia Robotnicza Ameryki Środkowej.