W prezbiterium znajdował się ołtarz główny w formie analogicznej, jak w kościołach katolickich, w nawie był jeden ołtarz boczny św. Mikołaja. Poza tym na wyposażeniu obiektu było 13 obrazów unickich różnych rozmiarów oraz osiem obrazów „moskiewskich”, tj. starych ikon prawosławnych. Przy cerkwi funkcjonowało bractwored. G. Ryżewski, Sokołów Podlaski. Dzieje miasta i okolic, Krajowy Ośrodek Badań i Dokumentacji Zabytków, Białystok-Sokołów Podlaski, s. 280 i 293-294.. W Kościele unickim cerkiew nosiła zlatynizowane wezwanie Protekcji Najświętszej Maryi Panny.
Nowa cerkiew unicka 200px|right|thumb|Jedyny zachowany w Sokołowie zabytek związany z unitami – nagrobek duchownego, Leona Zatkalika, i jego małżonki Na miejscu starej i zniszczonej świątyni w 1730 wzniesiono w Sokołowie nową cerkiew, której architektura i wystrój wnętrza był ściśle wzorowany na wyglądzie kościołów. Opis z 1757 wskazuje na istnienie ołtarza głównego Najświętszej Maryi Panny i czterech bocznych (Zbawiciela, Protekcji Najświętszej Maryi Panny, Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, św. Mikołaja, nie było już natomiast ikonostasu, z którego zachowano jedynie dwanaście wizerunków Apostołów. Poza nimi w cerkwi przechowywano jeszcze 43 obrazy, wykonane w stylu barokowym;