1 stycznia 1959 do osiedla Czarna Woda włączono serię parceli serię parceli z obrębu Łąg (karta mapy 1 i karta mapy 4) oraz z obrębu Stare Prusy (karta mapy 3) z gromady Łąg w powiecie chojnickim w woj. bydgoskim; równocześnie utraciły moc przepisy regulujące granicę międzę gromadą Łąg i Czarną Wodą wprowadzone rok wcześniej (1 stycznia 1958).
1 stycznia 1970 z osiedla Czarna Woda wyłączono: obszar o powierzchni 2.262,75 ha, włączając go gromady Kaliska w tymże powiecie; oraz obszar o powierzchni 134,40 ha, włączając go gromady Osieczna tamże.
1 stycznia 1973, w następstwie kolejnej reformy gminnej znoszącej gromady i osiedla, Czarna Woda utraciła status osiedla, stając się wsią w reaktywowanej gminie Kaliska w powiecie starogardzkim w woj. gdańskimUchwała Nr XVIII/108/72 Wojewódzkiej Rady Narodowej w Gdańsku z dnia 4 grudnia 1972 r. w sprawie utworzenia gmin w województwie gdańskim (Dziennik Urzędowy Wojewódzkiej Rady Narodowej w Gdańsku z dnia 15 grudnia 1972 r., Nr 20, Poz. 195). Do funkcji administracyjnych Czarna Woda powróciła dopiero po 20 latach, kiedy to 1 stycznia 1993 z gminy Kaliska wyłączono wieś Czarna Woda oraz część wsi Lubiki (3,88 ha), tworząc z nich gminę Czarna Woda, której nadano równocześnie prawa miejskie.