W 1924 roku z powodu braków kadrowych zostały zlikwidowane trzecie kompanie w batalionach. Do pułku należała również ewidencyjnie Kompania Warsztatowa Nr 1, utworzona 15 maja 1919 roku w Poznaniu z obszernymi warsztatami, w których przeprowadzano naprawę parowozów i wagonów wąskotorowych. Kompania została zlikwidowana 13 września 1923 roku na podstawie rozkazu Ministerstwa Spraw Wojskowych.
Do 3 pułku kolejowego należały również pociągi pancerne: „Generał Konarzewski”, „Podhalanin”, Odsiecz II, „Śmigły”, Ochotnik, „Kaniów II”, „Pionier”, „Huragan”, a później także pociągi: „Poznańczyk”, „Stefan Czarniecki”, „Generał Sosnkowski”, „Bartosz Głowacki”, „Piast” i „Ślązak”, które odesłano w marcu 1924 r. pierwsze trzy do 2 pułku wojsk kolejowych, a drugie trzy do 1 pułku wojsk kolejowych celem likwidacji i reorganizacji. Ostatnio sześć pociągów miały postój w Poznaniu-Górczynie.
1 października 1924 roku 3 pułk wojsk kolejowych na podstawie rozkazu Ministra Spraw Wojskowych Departament VI L. 2224/24 tj. z dnia 13 sierpnia 1924 roku został zlikwidowany. W myśl powyższego rozkazu żołnierze i sprzęt 3 pułk kolejowego został przydzielony do 1 pułku wojsk kolejowych w Krakowie i 2 pułku wojsk kolejowych w Jabłonnie.