W dniu 17 lipca 1797 rewolucyjne władze municypialne zlikwidowały trybunał inkwizycji i zniszczyły jego archiwum.
Organizacja Na czele trybunału stał inkwizytor z zakonu franciszkanów konwentualnych, któremu pomagało dwóch wikariuszy generalnych i trzech wikariuszy rejonowych na prowincji. Siedzibą trybunału był konwent S. Francesco w Padwie. Jurysdykcji trybunału podlegała jedynie diecezja padewska.
Lista inkwizytorów (1544–1797) Girolamo Girelli da Brescia OFMConv (1544–1563) Cornelio Divo da Venezia OFMConv (1563) Massimiliano Beniami da Crema OFMConv (1563–1585), jednocześnie inkwizytor Rovigo do 1567 Annibale Santucci da Urbino OFMConv (1586–1597) Felice Pranzini da Pistoia OFMConv (1597–1602) Zaccaria Orceoli da Ravenna OFMConv (1602–1614) Paolo Sansoni da Milano OFMConv (1614–1627) Antonio Vercelli da Lendinara OFMConv (1627–1659) Giovanni Angeli da Lucignano OFMConv (1659–1670) Francesco Rambalducci da Verucchio OFMConv (1670–1672) Francesco Antonio Triveri da Milano OFMConv (1672–1674) Oliviero Tieghi da Ferrara OFMConv (1674–1688) Domenico Mengacci da Bagnocavallo OFMConv (1688–1690) Ambrogio Lissotti da Conegliano OFMConv (1690–1727) Giovanni Pellegrino Galassi da Bologna OFMConv (1727–1732) Antonio Girolamo Cagnacci OFMConv (1732–1737) Paolo Antonio Agelli OFMConv (1737–1740) Paolo Antonio Ambrogi OFMConv