Administracja kolonialna na powstanie zareagowała licznymi represjami wobec malajskich cywili. Brytyjczycy przeprowadzili masowe przesiedlenia ludności oskarżanej o możliwe sprzyjanie partyzantom; liczba przesiedlonych osób wynosi około pół milionaKarl Hack (2013), Defense & Decolonization in South-East Asia, s. 113., Journal of Southeast Asian Studies. Rząd do końca lat 50. poczynił duże postępy w tłumieniu rebelii, a w 1960 roku doprowadził do jej ostatecznego upadku. Przyczyniło się do tego m.in. użycie broni chemicznej (kwas 2,4-dichlorofenoksyoctowy i kwas 2,4,5-trichlorofenoksyoctowy)Bruce Cumings (1998). The Global Politics of Pesticides: Forging Consensus from Conflicting Interests. Earthscan. s. 61. oraz brutalne metody stosowane przez wojsko brytyjskie, które, jak wykazano, dokonywało masakr cywilnych mieszkańców (których to symbolem stała się miejscowość Batang Kali), egzekucji na jeńcach, oraz stosowało tortury i okaleczanie partyzantów i osób podejrzanych o sprzyjanie imFujio Hara (grudzień 2002). Malaysian Chinese & China: Conversion in Identity Consciousness, 1945–1957. University of Hawaii Press. s. 61–65..