Zmarł 5 maja roku 1629 w Czernięcinie a pochowany został w Zamościu. Jego bogata biblioteka przeszła na własność Akademii Zamojskiej. Rok jego śmierci zamyka epokę polskiego renesansu.
Twórczość Za najważniejsze dzieło Szymonowica uznaje się Sielanki wydane w 1614 roku w Zamościu. W 20 utworach tam zamieszczonych widoczne są odwołania do Teokryta, twórcy sielanki jako gatunku literackiego oraz do Wergiliusza i Jana Kochanowskiego. Szymonowic opublikował także 2 dramaty po łacinie: Castus Joseph (1587), Pentesilea (1618).
Ważniejsze utwory Wierszyk łaciński na B. Paprockiego Gniazdo cnoty, (Kraków 1578); przedr. K. Heck "Szymon Szymonowicz", cz. 2, dod., Rozprawy AU Wydział Filologiczny, t. 37 (1903) i odb. Divus Stanislaus, powst.: w 1582 (opinia K. Hecka) lub 1583 (opinia R. Pilata), w latach 1575–1577, według T. Sinki, Estreichera i B. Nadolskiego w 1577; ogł. S. Grochowski Encomia divi Stanislai a duobus doctissimis viris conscripta, Kraków 1604; autograf: Biblioteka Jagiellońska, rękopis nr 2363, (poemat łaciński w 84 oktawach) Naenia funebris ad Stanislaum Socolovium... de morte Jacobi Gorscii, Kraków 1586, drukarnia A. Piotrkowczyk; przedr. S. Sokołowski Opera..., t. 1, Kraków 1591 Castus Joseph (dramat), Kraków 1587, drukarnia Łazarzowa;