Wraz z rafami koralowymi u wybrzeży Hondurasu i Meksyku, Rafa Koralowa Belize wchodzi w skład Wielkiej Mezoamerykańskiej Rafy Koralowej. Jest uznawana za najdłuższą rafę na Karaibach, choć w pobliżu Kuby i Florydy znajdują się ciągi raf, które konkurują z nią o ten tytułSpalding, Ravilious & Green, str. 117.
Walory przyrodnicze 200px|thumb|left|Koralowiec z rodziny Mussidae Na obszarze Rafy Koralowej Belize opisano 178 lądowych i 247 morskich gatunków roślin, a także przeszło 500 gatunków ryb, 65 gatunków koralowców, 45 gatunków stułbiopławów oraz 350 gatunków mięczaków. Schronienie odnajduje tam wiele chronionych gatunków gadów, takich jak żółw zielony, żółw szylkretowy, karetta, czy krokodyl amerykański. Na atolach i ławach koralowych żyje sporo ptaków, reprezentujących gatunki zagrożone wyginięciem. Na wyspie Half Moon Caye występuje licząca 3-4 tysiące osobników populacja głuptaków czerwononogich. Na Man-O-War Cay żyją głuptaki białobrzuche, a w obrębie Glover's Reef - rybołówki brunatne. Ponadto, na obszarze rafy koralowej występują pelikany brunatne oraz fregaty wielkie.