Głównymi zagrożeniami dla bioróżnorodności Kostaryki są szybko rosnąca populacja ludzka, rozwój tradycyjnej branży turystycznej na wybrzeżach oraz szkodliwe praktyki rolne. Przyczyniają się one do zanieczyszczenia i degradacji środowiska naturalnego. Największe obawy budzi wylesianie. Kostaryka ma czwarty najwyższy wskaźnik wylesienia na świecie. Prawie 4% terenów leśnych jest wycinanych każdego roku. Najczęstszą przyczyną usuwania lasów jest zdobywanie terenów pod hodowlę bydła. To wraz z uprawami monokultur skutkuje rozszerzaniem się obszarów o znikomym zróżnicowaniu gatunkowym. Spadek różnorodności roślin na obszarach rolniczych prowadzi do zmniejszenia różnorodności zwierząt.
Rośliny thumb|Kwiat etlingery wyniosłej W Kostaryce występuje bardzo bogata flora, licząca ponad 9000 gatunków roślin wyższych. Obejmuje około 800 gatunków paproci – więcej niż w Stanach Zjednoczonych, Kanadzie i Meksyku razem wziętych. Występuje tutaj około 30 gatunków helikonii – rośliny blisko spokrewnionej z bananowatymi. Ponadto rosną tutaj liczne gatunki begonii, anturii czy męczennicy. Dwupienny gatunek rośliny z rodziny wawrzynowatych – Ocotea tenera – w różnych latach zdarza się, że zmienia płeć kwiatów, wytwarzając w jednym sezonie niemal wyłącznie kwiaty żeńskie, a w innym – męskie, zwiększając w ten sposób szanse na zapylenie.