W październiku 1932 został przesunięty na stanowisko dowódcy batalionu. W sierpniu 1935 został przeniesiony do Powiatowej Komendy Uzupełnień Sanok na stanowisko komendanta.
Służył w Sanoku pełnił stanowisko Sekcji Narciarskiej „Sanoczanka”, mającej siedzibę przy ulicy Jana III Sobieskiego 5 i działającej w ramach sanockiego koła Polskiego Towarzystwa Tatrzańskiego. W 1937 był członkiem zarządu klubu LKS Pogoń Lwów i kierownikiem sekcji narciarskiej.
W 1939 roku pełnił służbę w Komendzie Rejonu Uzupełnień Radom na stanowisku komendanta rejonu uzupełnień.
Po wybuchu II wojny światowej i kampanii wrześniowej był internowany na Węgrzech. Został jeńcem Oflagu III A Luckenwalde. Później awansowany do stopnia podpułkownika.
Zmarł 11 grudnia 1975. Został pochowany na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 107-5-17).
Marian Franciszek Kowalski był żonaty z Ireną Małgorzatą z Kownasów (1907–1987), z którą miał syna Marka (1942–2013), etnografa, pisarza i córkę Dorotę (1944–1999), historyka, poetkę.
Ordery i odznaczenia Krzyż Niepodległości (9 listopada 1931) „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Krzyż Walecznych (czterokrotnie) Srebrny Krzyż Zasługi (10 listopada 1928)M.P. z 1928 r. nr 260, poz.