Niebawem okazało się, iż nowy prezydent dąży do władzy dyktatorskiej, przez co stracił poparcie opinii publicznej i opozycyjnych partii. W październiku 1956 r. doszło do przewrotu wojskowego. Władzę objęła junta, która rok później wyznaczyła prezydenta - liberała Ramóna Villeda Moralesa. W 1963 r. kolejnym prezydentem - dyktatorem został Oswaldo López Arellano. W 1972 r. w sposób demokratyczny wybrano na głowę państwa narodowca Ramóna Ernesto Cruz Uclésa. Już w grudniu 1972 r. doszło do kolejnego zamachu stanu, w wyniku którego na stanowisko prezydenta powrócił Ramón Ernesto Cruz Uclés. W 1975 r. w wyniku oskarżeń o korupcji wśród najwyższych oficjeli Hondurasu, Uclés stracił najpierw zwierzchnictwo nad wojskiem, a później stanowiska głowy państwa. Władze wojskowe uczyniły jego następcą Juana Alberto Melgara, a gdy i on nie spełnił ich oczekiwań prezydentem został Policarpo Paz García. W 1981 r. przeprowadzono pierwsze od dziesięciu lat demokratyczne wybory, w których zwyciężył liberał Roberto Suazo Córdova. Jego prezydenturę zainaugurowano w styczniu 1982 r.