Na Uniwersytecie Warszawskim pracował do 1894 roku z powodu choroby wzroku, pod koniec życia stracił wzrok.
Opublikował łącznie około 100 prac w języku polskim, rosyjskim i niemieckim. Pod jego kierunkiem ukazały się polskie przekłady podręczników Hermanna, Dondersa i Vierordta. W 1876 roku opisał zespolenia tętniczo-żylne (kłębki Hoyera). Opracował pierwszy w języku polskim oryginalny podręcznik histologii (Histologia ciała ludzkiego). Jako pierwszy na ziemiach polskich założył hodowlę bakterii chorobotwórczych. Należał do pierwszych w Polsce zwolenników teorii ewolucji.
Członek założyciel i prezes Towarzystwa Lekarskiego Warszawskiego, redaktor naczelny „Tygodnika Lekarskiego”. Jego uczniami byli Józef Nusbaum-Hilarowicz, Edward Strasburger, Zygmunt Laskowski, Wacław Mayzel i Kazimierz Kostanecki. Z pracownią Hoyera związani też byli Teodor Dunin, Zygmunt Kramsztyk, Władysław Matlakowski i Józef Peszke. W 1884 roku uczniowie i współpracownicy Hoyera zorganizowali jubileusz i wydali księgę pamiątkową z okazji dwudziestopięciolecia jego pracy naukowej. Był odznaczony Orderem św. Stanisława i Orderem św. Anny II klasy. Był członkiem zwyczajnym Akademii Umiejętności (1895), doktorem honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego (1900). Należał do Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina.