Po zabójstwie Kirowa nastąpiły masowe egzekucje i aresztowania akceptowane przez społeczeństwo radzieckie wierzące, że wewnątrz kraju ukrywają się setki tysięcy spiskowców, zdrajców i imperialistycznych agentów chcących wymordować działaczy partyjnych i przywódców partii. Jagoda także z wielką bezwzględnością narzucał stalinowską kolektywizację, której towarzyszyły wywłaszczenia, konfiskaty własności chłopskiej, palenie i wysiedlanie wiosek, mordowanie i wywożenie do łagrów opornych chłopów (kułaków). Tym niemniej 25 września 1936 Józef Stalin przebywając na urlopie w Soczi, wysłał do Moskwy telegram z propozycją natychmiastowego odwołania Jagody ze stanowiska.
Życzenie Stalina zostało spełnione natychmiast, Jagoda został odsunięty ze stanowiska komisarza ludowego i zajął mało znaczące stanowisko komisarza ludowego poczt i telegrafów. Prawdopodobnie Stalin pozbywał się Jagody, ponieważ za dużo wiedział, a po Moskwie zaczęły krążyć pogłoski, że to OGPU jest odpowiedzialne za zamach na Kirowa.