Dwa dni później szef NKWD, Ławrientij Beria, polecił rozstrzelać wszystkich więźniów znajdujących się w śledztwie oraz skazanych za „działalność kontrrewolucyjną”, „sabotaż gospodarczy”, „dywersję” i „działalność antysowiecką”. Uruchomiło to lawinę zbrodni na więźniach. Według danych sowieckich z 10 czerwca 1941, a więc niemal w przededniu agresji niemieckiej, w kresowych więzieniach przebywało ok. 40 tys. więźniów, w tym: w więzieniach zachodniej Ukrainy ok. 21 tys. więźniów, w więzieniach zachodniej Białorusi ok. 16,5 tys., pozostałe ok. 2,5 tys. więźniów znajdowało się w więzieniach na Wileńszczyźnie.
Łącznie zamordowano ok. 35 tys. uwięzionych. Masakry miały miejsce np. w Brygidkach, w więzieniu śledczym NKWD – Zamarstynów, w więzieniu przy ulicy Łąckiego we Lwowie wymordowano ok. 7 tys. więźniów, w Łucku ofiarą masakry padło ok. 2 tys. więźniów, w Wilnie ok. 2 tys., w Złoczowie ok. 700, Dubnie ok.