Wkracza na obszar wyżyny Bajuda, gdzie przyjmuje kształt przypominający literę „S”. W miejscu, w którym napotyka skały tarczy saharyjskiej, tworzy katarakty. Na tym odcinku występuje ich sześć, oznaczonych cyframi rzymskimi w porządku rosnącym w górę rzeki. Są one spławne tylko w okresie wysokiego poziomu wody. Ostatnim większym dopływem Nilu jest Atbara. W dalszej części Nil pokonuje ponad 2500 km przez pustynną część Sahary. W dolnym biegu rozszerza się, a przy ujściu do Morza Śródziemnego tworzy rozległą deltę.
Delta
Nil wpływa do Morza Śródziemnego rozległą deltą o powierzchni 22 000 km². Zaczyna się ona na przedmieściach Kairu, które od morza oddziela 175 km utworzonego przez rzekę lądu. Wzdłuż wybrzeża delta osiąga szerokość 220 km. Nil rozdziela się na dwa ramiona: wschodnie – Damiettę o długości 240 km zachodnie – Rosettę o długości 325 km Delta Nilu jest silnie zaludniona i zagospodarowana. Dzięki namułom użyźniającym glebę, dużą powierzchnię zajmują uprawy trzciny cukrowej, bawełny, pszenicy oraz ryżu.
W roku 2021 zapowiedziano budowę Nowej Delty Nilu. Koszt przedsięwzięcia wynosi ok. 5,2 miliarda dolarów.
Nil w Biblii Rzeka Nil wymieniona została w Starym Testamencie m.in.