Od 1956 równolegle kierował Katedrą Fizjologii Roślin na Uniwersytecie Wrocławskim, sytuacja taka trwała do 1964, gdy Stefan Gumiński zrezygnował z pracy w Wyższej Szkole Rolniczej. W 1975 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego, zajmował wówczas stanowisko dyrektora Instytutu Botanicznego Uniwersytetu Wrocławskiego. W 1979 przeszedł w stan spoczynku.
W latach 1957–1961 był prezesem Klubu Inteligencji Katolickiej we Wrocławiu.
Żoną Stefana Gumińskiego była Zofia z Niklewskich Gumińska (1917-2006), oboje spoczywają na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu(8/3/53) śp. Stefan Gumińskiwyszukiwarka Grobonet. mały|Grób Stefana i Zofii Gumińskich na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu Dorobek naukowy Prof. Stefan Gumiński pozostawił wiele prac naukowych, publikacji i felietonów dotyczących fizjologii roślin. Jako jeden z pierwszych prowadził badania nad związkami humusowymi, ich strukturą i funkcją fizjologiczną oraz ich właściwościami fizykochemicznymi. Ustalił warunki w których występuje lub zanika wpływ próchnicy na rośliny, dzięki badaniom wyjaśnił mechanizm działania związków próchniczych.