Transporty więźniów z Sanoka trwały do 1944 (głównie do Tarnowa), a prócz tego więźniowie byli rozstrzeliwani na dziedzińcu samego więzienia oraz w okolicy (cmentarz żydowski, teren pod lasem za strzelnicą w Olchowcach, obszar dworski w Zahutyniu, obóz w Zasławiu). Ostatnia masowa egzekucja więźniów została dokonana 27 lipca 1944 w lesie Hanasiska nieopodal Zasławia, gdzie rozstrzelano 40 osób. Do końca 1940 w księdze głównej więzienia zarejestrowano 1564 aresztowanych, w 1941 liczba wyniosła 2229, a w 1942 podobnie – 2212 osób. W 1942 w więzieniu przybywało ok. 1000 osadzonych. W trakcie okupacji przez więzienie przeszły 9554 osoby, z których ponad 300 została zamordowana w masowych bądź pojedynczych egzekucjach, część zginęła na miejscu, a 1563 osoby wywieziono do niemieckich obozów koncentracyjnych. Więzienie niemieckie w Sanoku stanowiło, obok więzienia w Jaśle, największe nazistowskie miejsce kaźni na Podkarpaciu. Zachowany zbiór akt niemieckiego więzienia w Sanoku ma charakter wyjątkowy z racji niespotykanej kompletności w porównaniu do innych tego typu nazistowskich placówek prowadzonych na ziemiach polskich.