Od 1569 działał w Rovigo i Adrii dominikanin Pietro Martire Frachetti, który skazał na śmierć dwóch protestantów.
Dopiero około 1590 doszło do ponownego – tym razem na stałe – przekazania inkwizycji w diecezji Adrii w ręce franciszkanów konwentualnych i stabilizacji siedziby trybunału we franciszkańskim konwencie w Rovigo. Działał on do końca istnienia Republiki Weneckiej, jako jeden z trybunałów rzymskiej inkwizycji, podporządkowanej Kongregacji Świętego Oficjum w Rzymie. W wyniku inwazji rewolucyjnej Francji na północne Włochy w 1797 w wielu miejscach Republiki Weneckiej wybuchały rewolty. W maju 1797 Rovigo zostało zajęte przez wojska rewolucyjne. 9 czerwca 1797 nowe władze municypialne rozwiązały trybunał inkwizycjiNicolò Biscaccia: Cronache di Rovigo dal 1844 a tutto 1864: premessa una succinta istoria sulla origine dell’antico Rhodigium. Padwa: 1865, s. 28.
Organizacja Siedzibą trybunału od około 1590 był konwent franciszkanów konwentualnych w Rovigo. W skład trybunału wchodzili też – oprócz inkwizytora – także przedstawiciel biskupa Adrii oraz świeccy urzędnicy. Inkwizytorowi Rovigo podlegało siedmiu wikariuszy generalnych i dwóch wikariuszy rejonowych.