służył w Departamencie Budownictwa Ministerstwa Spraw Wojskowych i nadal był przydzielony do 5 pułku saperów. Z dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr I został przeniesiony w stan spoczynku z dniem 30 czerwca 1929Dziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 5 z 12 marca 1929.Dziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 9 z 27 kwietnia 1929 r.. W 1934 jako emerytowany podpułkownik był przydzielony do Oficerskiej Kadry Okręgowej nr I jako oficer przewidziany do użycia w czasie wojny i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Warszawa Miasto.
Po wybuchu II wojny światowej, kampanii wrześniowej 1939 i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 przybył ze Zdołbunowa do Lwowa, gdzie mieszkała jego rodzina, w tym brat Kazimierz Szpaczyński (naczelnik Miejskiej Straży Pożarnej we Lwowie). W grudniu 1939 zostali zatrzymani przez sowietów podczas masowego aresztowania dokonanego w lwowskim Hotelu Bristol, gdzie jedli obiad. Po tym zdarzeniu Stanisław Szpaczyński został zwolniony, jednak później został aresztowany powtórnie przez sowietów. W 1940 został zamordowany przez NKWD. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 55/2-21 oznaczony numerem 3314).