Po wybuchu II wojny światowej, kampanii wrześniowej 1939 i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został aresztowany przez Sowietów. Na wiosnę 1940 został zamordowany przez NKWD. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 42/333 oznaczony numerem 2554; dosłownie określony jako Leon Rutkowski). Ofiary tej części zbrodni katyńskiej zostały pochowane na otwartym w 2012 roku Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni.
W 1947 roku w Sądzie Grodzkim w Bystrzycy Kłodzkiej, na wniosek Marii Rutkowskiej, zostało wszczęte postępowanie o uznanie za zmarłego Leona Koczur-Rutkowskiego, urodzonego 27 czerwca 1893 roku w Krakowie, zaginionego od roku 1939, sygn. akt Zg 37/47. W 1953 roku Sąd Powiatowy dla miasta stołecznego Warszawy w Warszawie wszczął, na wniosek Marii Rutkowskiej, postępowanie o uznanie za zmarłego Leona Koczur-RutkowskiegoMonitor Polski Nr B-53 z 8 czerwca 1953 roku, s. 318 ..