Rozporządzenie obwarowane groźbą utraty życia dla nieposłusznych rozpoczęło trwające kilka dziesięcioleci krwawe prześladowania chrześcijan. Ukrywając się uniknął deportacji, ale wydany w ręce władz przez apostatę został aresztowany. Więziony był w Ōmurze i Koori (Prefektura Fukushima) wraz z jezuitą Janem Chrzcicielem Machado. Wspólnie odprawiali Msze Święte, pokuty, modlitwy i wspierali się duchowo. Kiedy poinformowano ich o wyroku śmierci udzielili sobie sakramentu pokuty i pojednania, z radością poddając się egzekucji swoim przykładem wpłynęli na umocnienie w wierze obecnych współwyznawców. Stracono ich przez ścięcie 22 maja 1617 roku na wzgórzach pod Koori.
Znaczenie Piotr od Wniebowzięcia z Janem Chrzcicielem Machado byli pierwszymi ofiarami chrześcijańskimi od czasu masakry Męczenników z Nagasaki z 5 lutego 1597. 7 maja 1867 roku promulgowano dekret o heroiczności cnót Czcigodnego Sługi Bożego.