Jednakże dualizm substancjalny pociąga za sobą również istnienie dwóch różnych rodzajów energii. Oprócz energii znanej z fizyki obejmuje również energię duchową. Jednak podejście takie sprzeczne jest ze współczesną fizyką, choćby z zasadą zachowania energii. Próbą rozwiązania tego problemu jest założenie, że całkowita energia pozostaje stała, gdyż ubytkowi energii cielesnej towarzyszy zawsze przyrost energii duchowej i odwrotnie. Inny pomysł podaje z kolei, że umysł tylko modyfikuje rozkład energii w świecie, nie zmieniając całkowitej jej ilości. Na przykład Eccles proponuje, że umysł zmienia prawdopodobieństwo zdarzeń zachodzących w neuronach, nie potrzebując do tego żadnej energii, mechanizm tego działania starając się wyjaśnić przez hipotetyczne zmiany wytwarzania pęcherzyków synaptycznych przez kwantowe pole prawdopodobieństwa.