Pod koniec 1962 r. na siedzibę muzeum przydzielono budynek dawnej pastorówki ewangelickiej przy placu Jana Metziga 17, od początku 1963 działała tam ekspozycja związana z historią miasta i regionu. Liczba zbiorów szybko rosła i konieczne stało się powiększenie placówki, co stało się możliwe dzięki decyzji Prezydium Rady Miasta, które oddało na potrzeby wystawiennicze wnętrza domu numer 16. W 1993 r. w dawnym domu pogrzebowym gminy żydowskiej zorganizowano ekspozycję sztuki judaistycznej, równocześnie rozpoczęto remont przejętej w kwietniu 1992 r. Nowej Synagogi. Został on przerwany w 1999 r., ponieważ w oparciu o uchwałę o restytucji mienia żydowskiego roszczenia do obiektu zgłosiła Gmina Wyznaniowa Żydowska we Wrocławiu. Po kilku latach sporu Sejmik Województwa Wielkopolskiego zapłacił odszkodowanie, a Gmina wycofała swoje roszczenia. Od 2006 r. Nowa Synagoga pełni rolę galerii sztuki.
W 2016 r. muzeum zostało wyróżnione statuetką "Dobosz Powstania Wielkopolskiego", przyznawaną przez Zarząd Główny Towarzystwa Pamięci Powstania Wielkopolskiego 1918/1919.
Po zwrocie Parafii Ewangelicko-Augsburskiej w Lesznie siedziby przy pl. Jana Metziga 17 w 2021 r. Muzeum posiada dwie sale wystawiennicze w budynku Nowej Synagogi, przy ul.